為突破風云一號C氣象衛星高可靠、長壽命關鍵技術做了大量的研究工作。由他負責的“FY-1(02)姿態控制系統”獲2000年度上海市科技進步一等獎(第一完成人)。“風云一號C氣象衛星”獲2000年度國防科工委科技進步一等獎(第五完成人)。
此外，他的另一項目獲2000年度國防科工委科技進步二等獎(第一完成人)。2001年11月侯建文當選第七屆上海市十大科技精英(新世紀首批十大科技精英)。
至于國防科工委二等獎，有消息指他參與解放軍紅旗16系列導彈的設計，前段時間央視10套報道他過。紅旗16是中國自己研制的中低空防空導彈，有艦發和陸基兩類型。最近中央電視臺畫面中顯示，解放軍陸軍防空部隊已經裝備了紅旗-16導彈的新改進型。該型導彈可能代號為紅旗-16B，其射程從原紅旗-16A的40公里提高到了70公里。
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侯建文還是是中國2020火星探測器軌道器和嫦娥五號軌道器負責人。
目前為止，中國國家安全部門和俄羅斯情報部門都沒有對有關傳聞做出回應。
有熟悉國際情報活動的人士指，根據國際慣例，一旦發生間諜事件，當事國通常會盡量低調處理，除非兩國交惡，要用事件讓對方難堪。而中國和俄羅斯關系友好，自九十年代初兩國關系正�；�，兩國還沒有公開發生過間諜曝光事件。
曝光外國間諜潛伏最多的中國城市
據法新社統計目前在華的間諜一共有115675人，其中外國籍人士48564人，中國籍人士67111人。其中：
1.美國間諜19571人，其中軍事專業間諜9876人(含中國籍7766人)商業間諜9695人。
2.法國間諜12471人，其中軍事間諜6879人，商業間諜5592人
3.日本間諜21871人，其中軍事間諜11569人，商業間諜10302人
4.德國及歐盟其它國家間諜41762人，其中軍事間諜31543人，商業間諜10219人
5.其它國家間諜20000人
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外國間諜潛伏最多的的中國城市
