中國歷史上最徹底地解決臺灣問題，實現國家統一的古代帝王是清朝的康熙皇帝。

公元1624年，荷蘭殖民主義者侵略中國東南沿海，占領了臺灣。38年后，也就是康熙元年，即公元1662年，鄭成功從荷蘭殖民主義者手中收復了臺灣。不久，鄭成功去世，其子鄭經繼位。之后，臺灣鄭氏集團內部矛盾重重，鄭經與其叔父鄭世襲為爭奪權力發生火并，政治上越來越走下坡路。而清朝由于當時國內棘手問題很多，對臺灣不能以武力征服，也主要采取“招撫”政策。這樣，使得鄭氏集團暫時有了一個喘息時機，得以在臺灣維持20年時間的割據統治。

隨著收復臺灣，國家統一的呼聲高漲，康熙皇帝決定加快解決臺灣問題的步伐。但清廷內部在是否武力統一臺灣問題上頗有分歧。朝廷一部分大臣認為，天下初定，“凡事不宜開端，當以清靜為主”，主張緩征臺灣。福建地方的水師提督萬正色也上奏認為“臺灣斷不可取”。福建海防長官寧海將軍喇哈達等也持反對態度。許多朝中大臣“咸謂海洋險遠，風濤莫測，長驅制勝，難計萬全”，力主放棄武力征討。然而，內閣大學士李光地、福建總督姚啟圣、福建巡撫吳興祚等人則力主舉兵攻取臺灣。康熙皇帝在經過一段猶豫之后，最后下決心攻取臺灣，以“底定海疆”，實現其一統海內的宏圖大略。

康熙二十年，即公元1681年六月，康熙皇帝發布詔令：“鄭錦（經）既伏冥誅，賊中必乖離擾亂，宜乘機規定澎湖、臺灣。”并令總督姚啟圣、巡撫吳興祚、提督諾邁、萬正色等，與將軍喇哈達、侍郎吳努春“同心合志，將綠旗舟師分領前進，務期剿撫并用，底定海疆，毋誤事機。”他還決定起用施瑯為福建水師提督，作為攻臺主帥，“委以獨任專征”大權，到福建統領軍隊進取臺灣。他下詔書宣布：“今諸路逆賊俱已殲除，應以現在舟師破滅海賊。原任右都督施瑯系海上投誠，且曾任福建水師提督，熟悉彼處地形、�？芮樾�，可仍以右都督充福建水師提督總兵官，加太子少保，前往福建。到日即與將軍、總督、巡撫、提督商酌，克期統領舟師進取澎湖、臺灣。”

施瑯原是鄭軍守衛澎湖列島的將領，降清后曾一度出任福建水師提督，率領福建水師自福州的東山渡海攻打臺灣，至清水洋后因遇風折回。所以，他對臺灣海峽一帶海上形勢、地理環境、天文風候十分熟悉，這就為清軍攻臺取勝創造了有利條件。施瑯到達福建后，迅速組織起一支由原鄭氏降兵及福建新練水師為主的水軍，這支軍隊既熟悉海情，又有多年海上作戰經驗，同時又配備有精良大炮的高大堅固、行駛迅捷的戰船，只待選擇戰機，準備渡海作戰。

鄭軍當時派出能攻善守的大將劉國軒率精兵2萬余名，大小船艦200 余艘，并“緣岸筑短墻，置腰銃環20余里的壁壘”，固守澎湖。康熙二十二年，即公元1683年六月十四日，施瑯率領戰船300余艘，水師2萬余人，自東山出洋。清軍利用“風利舟快，瞬息飛駛，居上風上流之勢，壓攻擠擊”，一鼓作氣，經過七八個小時激戰，大敗鄭軍。劉國軒率所剩幾只小舟逃回臺灣。澎湖為臺灣門戶，一旦失守，臺灣便失去了屏障。此時，鄭軍只得上表求降，八月初，清軍勝利進駐臺灣。由于鄭氏集團政治腐敗，所以清廷統一臺灣得到臺灣各族人民的支持和擁護。清軍進駐臺灣時，“百姓壺漿相繼于路，海兵皆預制清朝旗號以迎王師”。由此可見，臺灣人民是迫切希望國家統一的。

隨后，康熙皇帝決定在臺灣設臺灣府，下轄臺灣、諸羅、鳳山三縣，隸屬福建省。臺灣、廈門合派一道官員管轄。并派兵8千人駐防，設總兵一員，副將二員，澎湖也派副將一員統兵2千人駐防。這樣，臺灣重新統一于大清王朝中央政府的管轄之下。

統一臺灣，使臺灣重新回到祖國統一的多民族大家庭中，這不僅對國家統一具有重要意義，而且對臺灣的經濟、文化的進一步發展也具有重要意義。后來事實證明，臺灣經濟、文化的進一步振興，正是在臺灣重新統一于清朝中央政權管轄之后。