清朝比明朝嘗藥更為嚴格：一器由御醫、院判、內監依次嘗藥;另一器進御。
清太醫院初設在北京正陽門內東江米巷，今東交民巷西口路北附近。太醫院大門懸掛“太醫院”匾。大門前左為“土地祠”，右為“聽差處”。太醫院有大堂五間，懸掛康熙帝御賜名醫黃運的詩文：“神圣豈能再，調方最近情。存誠慎藥性，仁術盡平生。”醫生講求“誠慎仁術”四字。大堂左側南廳，是御醫辦公廳堂，右側為北廳。后為先醫廟，供奉伏羲、神農、黃帝的塑像，有康熙帝御書“永濟群生”匾。先醫廟里有銅人像，廟外有藥王廟，廟連接大堂的是二堂、三堂。
光緒二十七年（1901年）《辛丑條約》后，東交民巷被劃為外國駐華使領館區。翌年，太醫院遷到新建衙署，在今地安門東大街113號院，大堂東西3間，進深3間，現基本保存。東院為藥房。今前院有28戶居民，后院為五中分校使用。太醫院在宮內上駟院北設有待診、休息的處所，舊稱“他坦”，又作“塌潭”，為滿語音譯，漢意是“住屋、住所”。歲月流逝，現已無存。
康熙吃西藥
——給皇帝看病的不一定是御醫
明清的太醫院，兼具衛生部、總醫院、醫學院和保健局四種功能�？滴跞辏�1693年）五月，康熙帝因患瘧疾，服用法國傳教士洪若翰等進的金雞納霜（奎寧）而病愈。光緒二十四年（1898年）九月初四，法國駐華公使館多德福醫生曾為光緒帝診病開藥。不過，太醫院始終是以中醫中藥為主。
御醫職責主要有八項：侍直、進御、扈從、奉差、儲藥、祭先醫、診視獄囚、施藥等。其侍直，各以�？�，分班輪值，在宮中稱宮直，在外廷稱六直。宮直在御藥房及各宮外班房值班，六直在外直房（如暢春園、圓明園）值班。扈從，皇帝出巡，御醫或奉旨點用，或按班輪值，都給夫馬、車輛裝載藥材，還給賬房需用等物。此外，王府、公主府、文武大臣等，太醫也奉旨前往診病。太醫還給監獄囚犯、瘟疫患者等治病。所以，御醫不一定都能給皇帝看病，給皇帝看病的也不一定都是御醫。
御醫怎么當
——想晉升，等六年
考選遷轉太醫院的御醫，來自全國各地，從民間醫生以及舉人、貢生等有職銜的人中，挑選精通醫理、情愿為宮中效力的人，量才錄用。如康熙年間，北京同仁堂創始人樂顯揚曾任太醫院吏目一職，其子鳳鳴承襲父業。雍正年間，同仁堂供奉御藥房的宮廷藥材，前后八代，一百八十八年。太醫院還設有教習廳，培養醫務人才。經歷六個寒暑，考試合格，才能錄用為醫士或醫生（光緒《大清會典事例》卷一千一百五）。他們的晉升規則是，六年考試一次，成績合格，沒有差錯，一次升補�？荚囀馨斯晌挠绊懀缫淮慰碱}為“知者樂水，仁者樂山”，還看重書法。太醫開藥方，要字跡端好。這項人事錄用和晉升制度的優長是：第一，將考選、遷轉限制在院內，調出、調入均少，利于人才隊伍穩定;第二，御醫、吏目、醫士等采取考試方式選拔，擇優錄用，利于業務水平提升。
薪資待遇低
——醫士月薪不如太監
薪資待遇方面，太醫院的院使月銀三兩，左右院判、七品御醫均月銀二兩二錢，吏目、醫士月銀一兩五錢（光緒《大清會典事例》卷二百五十）。雍正元年（1723年）規定：醫士月給公費飯銀一兩五錢、米九斗。而一個普通太監月銀二兩，可見御醫的俸銀是偏低的。
