這幾點《瑯琊榜》是沒有的，因此《軍師聯盟》的這幾個記錄讓《瑯琊榜》望塵莫及。很多人還拿《軍師聯盟》和《瑯琊榜》做比較，其實沒必要，毫無疑問《軍師聯盟》絕對要比《瑯琊榜》撈錢狠，尤其是優酷，完全就是想錢想瘋了。
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劇中出現的“月旦評”“衣帶詔”等內容令觀眾長知識之余，名醫華佗的兩次治病過程也引發爭議：首集一開場，華佗給難產的司馬懿之妻張春華喝下麻沸散，然后親自主刀剖腹產；隨后曹操頭病發作，華佗建議實行開顱手術，因而引發殺身之禍。觀眾質疑：“那時候就有剖腹產和開顱手術了嗎？我是不是穿越了？”
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此前的歷史劇，很少涉及司馬懿的家庭生活，司馬懿與妻子張春華的感情在《軍師聯盟》中有相當分量的戲份。劉濤在劇中飾演張春華一角。歷史上華佗發明過麻沸散，但華佗到底能不能做剖腹產手術，學術界至今意見不一。有婦產科專家就表示，歷史上中醫沒做過剖腹產手術，第一例是西醫做的。
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對此，《軍師聯盟》導演張永新給予了回應：“這并不是完全意義上的歷史正劇，但是這些劇情也不是完全虛構的。我們的編劇對此也做了詳盡的考證，關于剖腹產手術的記載在商以前就有過了，可以確認的是，兩漢時期有這一概念。”在他看來，盡管歷史當中并沒有記載華佗做了這類手術，但作為戲劇創作的需要應該是可以的。
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歷史上，曹操犯頭風病請華佗醫治確有其事。華佗應召前來診視后，在曹操胸椎部的鬲俞穴進針，曹操片刻便腦清目明，疼痛立止，十分高興。但華佗卻對曹操如實相告：“您的病，乃腦部痼疾，近期難于根除，須長期攻治，逐步緩解，以求延長壽命。”有醫學專家認為，華佗具備開顱手術的技術不太可能，“中國人受儒家思想影響深重，認為身體發膚受之父母，不會接受開顱之類的外科手術。”
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在多部以“三國”為題材的電視劇中，華佗為關羽刮骨療傷的情節讓觀眾印象深刻。但在醫學專家眼里，“這個故事其實是虛構的”。北京中醫藥大學教授劉景源表示：“根據《三國志》記載，華佗去世是在建安十三年（公元208年），關羽刮骨療毒事件發生在建安二十四年，所以，刮骨療毒不可能是華佗做的。”因此許多專家認為，由于華佗是當時最有名的醫生，《三國演義》便把這一事件寫到華佗身上。
