新中國成立以后，1952年，燕京大學被撤銷，原來燕大的校舍變成了北大。在1966年開始的那場運動中，北大成了重災區。不少教授“或選擇服毒，或選擇上吊，或選擇在未名湖自溺，或選擇跳樓……”

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自由作者莊沐陽在他的一篇名為《未名湖水怪》的文章內，塑造了一個老人角色，這位老人自稱“在文革的時候是北大學生，批斗了自己的教授，結果教授當著他的面跳下了未名湖”。

雖然這篇文章是虛構的，但是，文革期間，不少受迫害的北大教授選擇投湖自盡，卻是不爭的事實。

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最初一版北京大學范圍圖并不包含未名湖順帶一提，大家都以為是在未名湖自盡的老舍先生其實并不是于未名湖投湖，而是在太平湖投湖的，跟前面提到的王國維一樣，也是個誤會。

那一道讓未名湖投湖傳聞名聲大噪的神秘笛聲，文革結束后，北大的教學又慢慢開始回到正軌。當代關于未名湖的傳聞，因為一絲笛聲而添上了幾分神秘。