很多人誤以為， 是清政府燒了少林寺，這是錯的。事實上，清代諸帝很關心少林寺，或親書匾額，或巡游寺宇。乾隆十五年（1750年），乾隆皇帝親臨少林寺，夜宿方丈室，并親筆題詩立碑。從清朝白衣殿壁畫和文獻記載，少林功夫在清朝以來，仍維持著很高的水平。
真正毀了少林寺的，是馮玉祥。
1928年軍閥混戰，軍閥馮玉祥的部下石友三火燒少林寺，把天王殿、大雄殿、法堂和鐘樓等建筑被毀于一炬，許多珍貴的藏經、寺志、拳譜等燒成灰燼。
那么，馮玉祥為什么要屠滅少林寺呢？原因因很簡單，因為少林寺的主持妙興為了保護少林寺，并且保護一方平安，投靠了直系的吳佩孚，做了團長。
民國大軍閥馮玉祥為什么一定要去燒少林寺呢？
民國初年少林寺保家為民
少林寺創建于北魏太和十九年（495年），孝文帝元宏為安頓來朝傳授小乘佛教的印度僧人跋陀，因此在嵩山少室山建寺。
民國初年，少林寺尚有僧眾二百多人，土地一千三百七十余畝，度日艱難。
民國五年（1916年），有王云華修葺緊那羅殿之舉；民國八年（1919年），寺僧又修繕了白衣大士殿及地藏王殿，但都屬小規模的修修補補。
當此之時，軍閥混戰，武入朝秦暮楚；土匪肆虐，無賴劫奪流竄，寺僧惟以寺宇平安為念。時有云松恒林和尚（1865～1923年），為寺宇平安做出了貢獻，但也由此種下了禍根。
恒林，伊川縣宋寨人，俗姓宋氏，光緒初（1875年）人寺燕染。民國改元（1912年），為登封縣僧會司。其參禪之外，又習拳術，武藝高超。因地方不靖，縣府便命他為“少林寺保衛團團總”，系地方民團性質。他只好“以菩薩心腸作金剛面目”，購置槍械，訓練僧兵，以備不虞。
民國九年（1920年）秋，歲遭旱荒，土匪蜂起。恒林率民團在登封縣城、梯子溝、白玉溝等處，與土匪大小數十戰，打落“肉票”多人，每次皆獲勝利。一次，土匪桿首朱保成、牛邦、孫天章、段洪濤等合伙夜襲鞏縣魯莊鎮，天將明時被發覺，向西南逃竄。鞏縣九區民團緊緊追擊。匪過偃師府店，偃師縣十四區、十五區民團也加入追擊隊伍。土匪逃至少林寺西熬子坪，遭恒林所率少林寺民團截擊，大部被消滅。這次戰斗繳獲槍支、彈藥甚多，皆藏于少林寺內。
恒林因其英勇善戰，名聲大振。土匪不敢犯境，環寺數十村得以安居樂業。時河南省政府主席張鳳臺授恒林以獎狀、獎章，并向少林寺緊那羅王殿獻了“威靈普被”的匾額，以謝神庥。河洛道道尹閻倫如也送了“少林活佛”的匾額，旌表恒林剿匪之功。恒林則謙恭如一，敦睦百姓。
民國十二年（1923年）十月初二日，恒林因積勞成疾去世，春秋五十九歲。次年春，登封、鞏縣、偃師、臨汝四縣民眾三百余人集資為恒林立碑悼念。
民國大軍閥馮玉祥為什么一定要去燒少林寺呢？
少林寺站隊進入直系軍閥行列
恒林去世以后，他的弟子妙興（1891—1927）接任了登封縣僧會司及少林寺保衛團團總的職務。
妙興，字豪文，俗姓金，臨汝縣謝灣村人，家境貧寒，八歲（1898年）投少林寺恒林為師，自幼學拳習武，技藝超群，綽號“金羅漢”。
民國十一年（1922年）第一次直奉戰爭時，直系吳佩孚（1873～1939年）部師長張玉山至登封，意在收撫陳青云、任應岐的部隊。張玉山手下的河南暫編第四團團長樊鐘秀過少林寺休息，見大雄寶殿殘破，發心修補，因軍務倥傯，無暇及此，暫捐四百圓，預作購買物料之用。寺中大眾感激，因而與樊有聯絡。
次年（1923年）秋，吳佩孚受命為直魯豫三省巡閱使。張玉山奉命在登封一帶收編湖北第一師別動隊，其第一旅旅長盧耀堂得知妙興武功出眾，寺內又藏有槍支，便極力拉攏妙興，后以妙興為團長，組成第一旅第一團。這樣，妙興就加入了吳佩孚的軍事集團。
民國十四年（1925年）二月，豫西爆發了“胡憨之戰”。陜西的劉鎮華派憨玉琨率軍人河南，與河南督軍胡景翼作戰，爭奪中州。胡部樊鐘秀派蘭世勛運動駐偃師的憨部李慎亞倒戈。當憨部崔繼華自密縣退卻時，妙興率部隊幫助李慎亞攻打崔繼華，大大支援了樊鐘秀。自此，妙興與樊鐘秀關系更加密切。
軍閥斗爭惹火上身
民國十五年（1926年）七月，廣州革命軍開始北伐。九月，馮玉祥（1882～1948年）宣布脫離北洋軍閥，參加國民革命。
吳佩孚聯合張作霖（1875～1928年）攻打馮玉祥，被北伐軍擊敗。次年（1927年）春，馮玉祥占領西安，配合北伐軍合攻河南。二月，妙興所率第一團奉命開往鄭州，又調往舞陽。三月六日，在與任應岐部交戰中，妙興陣亡，年僅三十七歲。六月，遺體由弟子體信運回少林寺，葬于寺東北山坡上。
民國十七年三月，建國軍樊鐘秀乘馮玉祥的國民軍后方空虛，奪占了鞏縣及偃師縣，但不久被馮部將領石友三奪回。樊鐘秀南撤，轉攻登封縣城，其司令部即設在少林寺內。石友三部向南追擊，至輾轅關（十八盤），少林寺僧助樊狙擊，終不敵而潰。三月十五日，石友三追至少林寺，遂縱火焚法堂。次日，駐防登封的國民軍（馮玉祥部）旅長蘇明啟，命軍士抬煤油到寺中，將天王殿、大雄殿、緊那羅殿、六祖殿、閻王殿、龍王殿、鐘鼓樓、香積廚、庫房、東西禪堂、御座房等處，盡付一炬，以泄厥憤。至此，千載少林寺之精華，悉遭火龍浩劫！
如果說恒林迫于形勢，擔任“團總”，保護了寺院及一方的安全，尚可稱贊的話，那么妙興投靠北洋軍閥，出任“團長”，參與征戰，不但違背了佛寺清規，且引來了少林寺的劫難。
豫西地區，多災多難。民國十一年（1922年）直奉戰爭以來，迄無寧歲�；馃倭炙潞�，接著是蔣馮大戰（1929年）、蔣閻馮大戰（1930年）。連年戰亂、災荒，民生凋敝，少林寺之破落可想而知。此后的少林寺當家和尚淳樸（鞏縣回郭鎮人）、貞緒（1893—1955，鞏縣魯莊鄉南村人，俗姓李）等人，只在維系山門而已。
